處長之下置副處長1人，襄助處長處理處務；主任工程師1人，承處長之命處理工程技術事宜；並設工務、管理、財務、總務等4組，各置組長一人及人力資源、主計、輔導、資訊等4室，各置主任1人，承處長之命與副處長之指導推行各項業務。

為推展營運與管理，濁水溪系統設彰化用水管制中心，烏溪系統設第一水路工作站，統籌調配水源；28個灌溉工作站，負責執行灌溉管理及設施維護等業務。

一、襄助處長處理處務。

二、綜核文稿及重要業務之擬辦。

三、有關業務之聯繫與協調及重要交辦案件之核辦。

四、業務考核與改進事項。

五、綜理協調跨組室之綜合事項。

六、處長之交辦事項。

一、協助處長處理工程及管理方面技術性業務。

二、水源運用及灌溉管理之督導及研究事項。

三、工程之規劃、設計及營運之督導事項。

四、審核工程計畫、設計、工程施工品質、進度之考核及督導事項。

五、工程經費之編擬及工程招標、開標之督導事項。

六、水源開發及農田水利事業效益之研究發展事項。

七、處長之交辦事項。

分設計股、工事股、考工股等三股，辦理水利設施之興辦、改善、修復等工程之規劃、測量、設計、考工、工事、驗收等事項。

分灌溉股、督導股、機電股、水質股等四股，辦理水資源開發、調配、營運、水質監測及檢驗、灌溉地管理及水利設施維護、災害搶修、基層水利小組業務與抽水機維護管理及辦理旱作灌溉推廣等事項。

分徵收股、財產股等二股，辦理農田水利事業作業基金非設施使用資產活化、收益等費用收入與房地產管理、處分及年度財務計畫、調度等事項。

分文書股、事務股、出納股、發包股等四股，辦理文書、出納、事務管理、印信典守、農田水利事務諮議會委員會議事、招標發包等事項。

分任免股、考核股等二股，辦理組織、員工任免、待遇、福利、考核、獎懲、勤惰、訓練、退休、撫卹等事項。

分歲計股、會計股、統計股等三股，辦理編製年度預、決算、審核會計憑證及資料統計等事項

分第一股、第二股等二股，辦理人民陳情案件管考、便民措施及政風業務等事項。

辦理資訊系統之設計、資料管理等事項。

一、小給水門、小排水門以上灌溉排水設施之維護、管理、歲修、改善、違規取締及防汛之搶險。

二、小給水門、小排水門以上引水、輸水、分水之管理及調節。

三、水利小組工作之指揮考核。

四、水利糾紛之協調處理。

五、水利政令及灌溉制度之推行。

六、灌溉水質之監視處理。

七、灌溉計畫之擬訂及執行。

八、灌溉排水面積及其地籍資料之調查。

九、灌溉管理組織交辦事項。